Tanda kelamin penting artinya untuk mengetahui jenis kelamin suatu individu. Telah sering dikemukakan bahwa bulu babi mempunyai kelamin terpisah, ada individu jantan dengan kelamin jantan (testis) dan ada individu betina dengan gonad betina (ovari). Kedua jenis kelamin ini tidak memberikan kenampakan morfologi luar yang berbeda nyata. Sampai saat ini tanda kelamin sekunder yang dapat memberi petunjuk adalah bentuk papila genitalia (Gambar).
Dalam hal pemijahan tanda kelamin sekunder ini secara umum untuk dapat membedakan kelamin apabila induk-induk bulu babi akan dipijahkan. Pada pengamatan di laboratorium, teori ini masih dapat digunakan karena sebagian besar individu yang dipijahkan sesuai dengan teori seperti telah disebutkan di atas, walaupun ada sebagian yang tidak sesuai dengan teori karena ada beberapa individu yang tidak mempunyai tonjolan namun tidak dapat mengeluarkan telur. Sebaliknya ada juga individu yang mempunyai tonjolan namun dapat mengeluarkan telur walaupun hanya beberapa individu. Secara morfologi susah dibedakan jenis kelaminnya walaupun ada beberapa teori yang telah mengemukakan perbedaan tersebut. Diantara-nya adalah TAHARA et. al. dalam DARSONO (1986) mengemukakan bahwa: Dari beberapa jenis bulu babi yang diamati tersebut, perbedaan kelamin oleh bentuk papila genitalia yang memberikan dua tipe golongan yaitu :
- Tipe Mespilia.: papila genitalia pada hewan jantan adalah pendek sedikit me-nonjol berbentuk kerucut (conical protuberances), sedang pada betina adalah rata/mendatar atau masuk tenggelam di bawah dinding per-mukaan dinding cangkang. Jenis-jenis yang termasuk tipe ini ialah Mespilia globulus, Toxopneustes pileolus, Temnopleurus toreumaticus, Hemicentrotus pulcherimus dan Pseudocentrotus depressus.
- Tipe Tripneustes: papila genitalia pada hewan jantan ditandai dengan bentuk tabung memanjang, sedang pada yang betina berbentuk tonjolan tumpul (stumpy protuberances). Jenis-jenis yang termasuk tipe ini ialah Tripneustes gratilla, Echinometra mathaei, Echinostrephus aciculatus, dan Diadema setosum.
